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科技服务 新物种de novo 测序
基因组层次研究服务-新物种de novo 测序

Genome sequence and analysis of the tuber crop potato.

Nature. 2011 Jul 10;475(7355):189-95. 

 

研究人员使用纯合的加倍单倍体马铃薯克隆进行高通量测序。组装得到86%的基因组,并预测到39,031个蛋白编码基因。同时研究人员还将马铃薯的杂合二倍体克隆测序,发现基因会频繁发生各种潜在的有害突变,这可能是导致近交衰退的@个原因。进@步研究表明基因@族扩展,组织特异性表达,招募基因进入新信号通路都导致了块茎发育的进化。马铃薯基因组序列的获得为这个重要农作物的遗传改良提供了@个强有力的平台。

 

 

技术路线

 

 

结果分析

 

不同品系的单倍型多样性

 

不同植物,不同组织基因表达特征 

 

参考文献

 

[1] Li R, Wang J, et al. The making of a new pathogen: Insights from comparative population genomics of the domesticated wheat pathogen Mycosphaerella graminicola and its wild sister species. Genome Res. 2011, 21:57-66.

[2] Hamidreza C,Joyclyn L Y,Glenn T,et al. Efficient de novo assembly of single-cell bacterial genomes from short-read data sets.Nat Biotechnol. 2011,29:15-21.

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