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科技服务 宏基因组
基因组水平-宏基因组

Metagenomicdiscovery of biomass-degrading genes and genomes from cow rumen. 

Science2011 Jan 28; 331(6016): 463-7.
 

通过研究牛的消化机制,来寻找可用于生产第二代生物燃料的酶。  研究者将柳枝稷样品置于牛的瘤胃中培养72小时,然后对附着在柳枝稷样品上的所有微生物进行宏基因组测序(268G)。获得了大量碳水化合物活性基因,对其中部分基因表达后得到产物进行研究,发现57%蛋白酶产物对植物中的纤维素显示出活性, 属于可分解纤维素的酶。此外通过测序结果组装了15种无法培养的微生物基因组,并通过其他方法得到证实。

 

 

研究方法

 

 

结果分析

候选基因与碳水化合物活性酶(CAZy)的数据库进行序列比对,发现存在较高的相似性

 宏基因组测序获得15种无法培养的微生物序列

 

参考文献

 

[1] Hess M, Sczyrba A, Egan R, et al.Metagenomic discovery of biomass-degrading genes and genomes from cow rumen. Science, 2011, 331:63-67.
[2] Castellarin M, Warren RL, Freeman JD, et al.Fusobacterium nucleatum infection is prevalent in human colorectal carcinoma. Genome Research, 2012, 2:299-306.

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