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转录组水平－链特异性转录组测序
Andrea Pauli, Eivind Valen, Michael F. Lin, et al. Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis. Genom research,2011.
本研究发现，在胚胎形成的过程中，1133个lncRNAs转录本表达，包括长链基因间非编码RNA、内含子重叠lncRNAs、外显子反义重叠lncRNAs。斑马鱼中发现的lncRNA与其他哺乳动物的lncRNA特征类似：长度短、外显子少、表达量低。LncRNA子集携带发育功能相关的特定染色质特征。LncRNA的时空表达有两个重要特征：一是比普通蛋白表达时间宽度窄，主要富集在胚胎发育早期；二是一些lncRNA表现出明显的组织特异性和特定的亚细胞定位模式。
研究方法：
本文采用链特异性转录组的测序方法，用Illumina HiSeq 2000测序平台，2×76bp的测序模式，对斑马鱼胚胎发育过程中lncRNA表达的情况进行了研究。本研究中每个测序样本得到200-300M reads。
结果分析：
1. 斑马鱼胚胎形成过程中，表达的lncRNAs的种类
2. 胚胎形成时期 lncRNA表达时空特征
参考文献
Andrea Pauli, Eivind Valen, Michael F. Lin, et al. Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis. Genom research,2011.
