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科技服务 WGBS甲基化测序
表观遗传学研究服务-WGBS甲基化测序

Conservation and divergence of methylation patterning in plants and animals Feng S,Cokus SJ et al.(2010) PNAS

 

研究背景

 

1.胞嘧啶甲基化是一种存在多种真核生物DNA中的表观遗传标记,尽管DNA甲基化多在基因沉默中有着保守的作用,但DNA甲基化的水平和模式在不同生物体中存在极大的差异。

 

2.利用全基因组鸟枪法重亚硫酸测序(WGBS-Seq),对雄蜜蜂、海鞘、小鼠、斑马鱼、绿衣藻、粳稻、拟南芥、杨树8个物种比较,利用得到的数据分析结果可以帮助研究者选择合适的模式生物进行研究,还可以证明WGBS-Seq的多功能性。

 

研究方法

 

1.从雄蜜蜂、海鞘、小鼠、斑马鱼、绿衣藻、水稻、拟南芥、杨树8个物种的组织提取DNA。

2.WGBS-Seq 测序文库构建。

3.Illumina GA 测序,分别得到118.4Mb-2.72Gb序列数据。

4.生物信息学分析。


分析结果

 

1. 开花植物甲基化模式很类似,均检测到甲基化的胞嘧啶。而动物中基本都是CG甲基化。除CpG岛外,脊椎动物整个基因组都存在甲基化,且大多数生物基因组甲基化都很保守倾向于外显子,海鞘和蜜蜂中基因是主要的甲基化靶点 ,绿衣藻有特别的甲基化模式,非CG甲基化主要集中在基因的外显子而不是重复序列和转座子中。

 

 

2. Dnmt1(Mouse, Zebrafish)/ MET1 (Arabidopsis)的辅助因子Uhrf1(Mouse, Zebrafish)/VIM(Arabidopsis)有着保守的功能,维持小鼠、拟南芥和斑马鱼基因组中转座子和基因的CG甲基化。

 

参考文献

 

[1] Xiang H, Zhu J, Chen Q, et al. Single base-resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map. Nat Biotechnol 2010;28:516-20. 

[2] Lister R, Pelizzola M, Dowen RH, et al. Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences.Nature, 2009, 462:315-322.

[3] Feng S, Cokus SJ, Zhang X, et al.Conservation and divergence of methylation patterning in plants and animals.Proc Natl Acad Sci., 2010, 107:8689–8694.

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