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科技服务 lncRNA测序
转录组层次研究服务-lncRNA测序

Jian-Feng Xiang, Qing-Fei Yin, Tian ChenHuman et al,. Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin interactions at the MYC locus. Cell Research, (2014) :1-19. (lncRNA测序工作在晶能生物公司完成)

 

本研究对人类结肠癌组织和正常黏膜组织进行RNA测序,两种样本分别得到52M和59M reads。通过比较发现,人类结直肠癌组织中的MYC基因上游515 kb处特异性地转录生成一种长链非编码RNA—CCAT1-L。功能研究表明,抑制CCAT1-L 会降低MYC基因表达;过表达CCAT1-L,会增强MYC基因表达,并促进肿瘤发生。进一步研究发现,编码这种lncRNA的基因座定位在一个超级增强子中,该lncRNA—CCAT1-L通过调节CTCF与染色质的结合来促进MYC基因增强子与启动子远程染色质环的形成。以上研究结果表明,lncRNA在肿瘤形成的过程中充当了一种重要的调控因子。

 

研究方法:

 

1) RNA-seq发现结肠癌组织lncRNA—CCAT1-L

2) 用northern blot和qRT-PCR在其它病人的结肠癌组织进行验证; 

3) ASO knockdown 和过表达研究CCAT1-L功能; 

4) ChIP研究CCAT1-L调控染色质成环机制。

 

结果分析:


1. 结直肠癌组织中的MYC基因上游515 kb位点特异性地生成的lncRNA—CCAT1-L

 

 

2. 编码CCAT1-L的基因座定位在一个超级增强子中。

 

 

参考文献

 

 

[1] Annalisa Di Ruscio, Alexander K. Ebralidze, Touati Benoukraf, et al,. DNMT1-interacting RNAs block. Nature, 2013, 573:371-376.
[2] Derrien T, Johnson R, Bussotti G , et al,. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res. 2012 22: 1775-1789.
[3] Jihua Ding, Qing Lu, Yidan Ouyang, et al,. A long noncoding RNA regulates photoperiod-sensitive male sterility, an essential component of hybrid rice. PNAS, 2012, 109:2654-2659.

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