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科技服务 基因芯片数据分析
表达谱分析

表达谱分析

通过芯片杂交信号的荧光强弱来得到mRNA,miRNA的表达量或者CpG位点的甲基化程度,利用统计学方法来筛选差异位点,最后借助功能分析来寻找可能的生物学解释。

 

基本分析流程

 

 

部分结果展示

 

Box plot图:是利用数据中的五个统计量:最小值、第一四分位数(25%)、中位数(50%)、第三四分位数(75%)和最大值来描述数据的一种方法,它也可以粗略地看出数据是否具有有对称性,分布的分散程度等信息。

 

 

Pca图:通过降维度的方式来看样本间的相似程度,不同的颜色表示不同分组的样本。样本间距离越近表示样本基因的表达趋势约接近。

 

 

火山图:两条绿色直线对应fold change 2倍差异,绿色横线对应P=0.05,红色是差异基因区域。

 

非监督聚类图:纵列表示样本横列表示基因,信号值的强度用色阶表示,进化树表示基因或者样本的相似程度。

 

自组织映射聚类SOM 分析:将变化趋势一致的基因聚类,横坐标是不同阶段,每条线表示一个基因的表达趋势。

 

Go关系图

 

Pathway图

 

网络关系图

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